La vaquita marina es extremadamente difícil de estudiar, aun en las mejores condiciones ambientales se dificulta su detección, esto obedece a varias razones, entre ellas: la talla pequeña del animal, su comportamiento discreto al salir a la superficie a respirar, sus tiempos de inmersión relativamente largos, y la turbidez del agua de la zona en la que habita.
Los estudios realizados evidencian que se tratan de una población históricamente pequeña debido a su distribución restringida por naturaleza. Para estimar el tamaño de población y confirmar la distribución se han realizado varios esfuerzos de avistamientos de animales vivos.
Los avistamientos confirmados de la vaquita marina se ubican en la zona norte del Golfo de California y se concentran en la costa de San Felipe en Baja California, Golfo de Santa Clara y Puerto Peñasco en Sonora.
En 2017 el monitoreo se realizó en el mismo polígono, pero fuera del periodo usual (verano) explicando así la cantidad de ejemplares reportados. Aun así, el CIRVA señaló que los datos representan una causa de preocupación notable y que es importante que se continúe con el monitoreo hasta cubrir el periodo principal habitual como en años anteriores (mediados de junio a mediados de agosto), igualmente se recomendó que los datos fueran analizados a más tardar a finales de agosto del presente 2018.
En la 11 a reunión del Comité Internacional para la Recuperación de la Vaquita (CIRVA) llevada a cabo en el 2019 se resaltó que subsisten menos de 22 vaquitas marinas (el descenso continúa estando vinculado a la pesca incidental con redes para totoaba) y que el Programa de monitoreo acústico indica que las pocas vaquitas restantes se localizaron en una pequeña área de aproximadamente 24 X 12 km (288 km2) al interior del Refugio de la vaquita, denominada Zona de tolerancia cero (ZTC).
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